LAboratorios
Sex, 01 de Abril de 2011 06:51

Laboratórios

 

Laboratórios do Departamento de Botânica

 

A pesquisa no Departamento de Botânica está estruturada fundamentalmente em sete laboratórios:

* Laboratório de Anatomia

* Laboratório de Biologia Celular

* Laboratório de Biologia Molecular

* Laboratório de Algas Marinhas “Édison José de Paula”

* Laboratório de Fisiologia

* Laboratório de Fitoquímica

* Laboratório de Sistemática

Além disso, o Departamento de Botânica conta com sete casas de vegetação para a realização de experimentos e manutenção de coleções de plantas para pesquisa e docência.

Há também o Laboratório de Microscopia Eletrônica, o Fitotério e os Herbários Ficológico e Fanerogâmico que atuam como setores de apoio, atendendo às necessidades didáticas e de pesquisa do pessoal de todas as linhas de pesquisa do Departamento. Os dois herbários têm grande relevância como acervos da flora nativa. O Herbário Ficológico representa a maior coleção de algas da América Latina, com espécimes de cerca de 30 países e de praticamente todas as espécies conhecidas do litoral brasileiro. É freqüentemente utilizado por pesquisadores de todo o mundo.

O Herbário Fanerogâmico abriga a maior coleção de plantas de campos rupestres do mundo. A exemplo do Herbário Ficológico, o Herbário Fanerogâmico é freqüentemente utilizado por taxonomistas do Brasil e do exterior.

 

Nos últimos três anos, houve uma substancial ampliação das áreas físicas dos laboratórios de pesquisa, além de considerável incremento e modernização de equipamentos.

Em 2006 destacamos a realização de uma grande reforma do Laboratório de Fisiologia Vegetal, o qual foi modernizado, visando à instalação de vários cromatógrafos líquidos e um a gás para dosagens de hormônios vegetais e de carboidratos. Além disso, esse laboratório recebeu um aparelho de quimiluminescência para detecção de baixíssimas concentrações de óxido nítrico por fluxo contínuo, sendo o único equipamento do gênero no Brasil. Uma outra sala de cultivo de plantas foi instalada no laboratório, onde foram construídas prateleiras independentes com controle de intensidade, qualidade (azul e vermelho) da luz, além do fotoperíodo, umidade e temperatura. É a única no estado de São Paulo a ter todas essas condições controladas de modo independente.

O Laboratório de Biologia Molecular de Plantas continua altamente capacitado para realização de sequenciamento de DNA, serviço que oferece tanto para os laboratórios do nosso Departamento, quanto para outras Instituições. Esse laboratório,recentemente, reformou suas instalações, abrigando 5 termocicladores para PCR e um acelerador de partículas para a transformação genética de tecidos vegetais, além de 2 sequenciadores. Em 2006 foram adquiridos dois equipamentos de ultima tecnologia: um termocilclador em tempo real (ou PCR quantitativa) e um NanoDrop (quantificador de DNA, RNA e proteínas que emprega volumes super reduzidos).

O Laboratório de Biologia Celular de Plantas (BIOCEL) tem como ênfase os estudos na área de Biotecnologia Vegetal e Fisiologia do Desenvolvimento Vegetal. As principais abordagens estão relacionadas com o controle e monitoramento dos processos de morfogênese in vivo e in vitro, através da correlação e identificação de diferentes sinalizadores e marcadores dos processos de desenvolvimento vegetal. Os parâmetros fisiológicos, bioquímicos e moleculares avaliados, envolvem a utilização de diferentes estratégias e metodologias, rotineiras no BIOCEL, incluindo: proteômica comparativa (eletroforese 1-D e 2-D, análise de imagens e espectrometria de massas), metabolismo de reguladores de crescimento (identificação e dosagem de AIA; ABA e poliaminas por HPLC), perfil de aminoácidos (identificação e dosagem por HPLC), metabolismo do óxido nítrico (dosagem por espectrometria e localização por microscopia de fluorescência), metabolismo de compostos secundários (lignanas e neolignanas), expressão de genes marcadores do desenvolvimento embrionário (gene SERK, WOX e ABI) e estabilidade genética (RAPD e AFLP). Os aspectos de conservação e propagação, em especial de espécies nativas, como Araucaria angustifolia, Ocotea catharinensis e O. odorífera, tem sido contemplados, com o emprego de técnicas biotecnológicas, como a embriogênese somática e a criopreservação de germoplasma. O sistema cana-de-açucar também tem sido utilizado nos estudo das interações plantas/bactérias, e para o estabelecimento e padronização de procedimentos biotecnológicos. O laboratório possui colaboração com vários grupos brasileiros e estrangeiros, e financiamentos da FAPESP, Petrobrás, FINEP, CAPES e CNPq.

O Laboratório de Anatomia Vegetal possui ampla e moderna infra-estrutura que inclui estufas, micrótomos de vários tipos, estereomicroscópios e microscópios fotônicos de campo claro, contraste de fase e fluorescência, além do instrumental básico para histologia, e histoquímica. Conta também com diversos equipamentos para documentação e análise, incluindo fotomicroscópios, sistema de vídeo e análise de imagens bem como computadores, xiloteca e infra-estrutura dirigida à análise anatômica de madeiras.

O Laboratório de Fitoquímica, além de possuir uma excelente infraestrutura para análises bioquímicas, conta com um cromatógrafo líquido de alta eficiência, um cromatógrafo a gás e um espectrômetro de massas, possui, ainda, um espaço destinado para o desenvolvimento de técnicas moleculares, compreendendo extrações e reações com vistas a análises de fragmentos de restrição e seqüenciamento de DNA de plantas vasculares, que são complementadas nos seqüenciadores automáticos do Lab. de Biologia Molecular.

O Laboratório de Algas Marinhas, com suas três salas climatizadas e seis estufas incubadoras com controle de luz e temperatura, tem excelente infra-estrutura para triagem e cultivo de algas, extração de carragenanas e desenvolvimento de técnicas em fisiologia, bioquímica e mais recentemente se instrumentalizou para desenvolver pesquisas em biologia molecular.

O Laboratório de Sistemática tem sala com dez estereomicroscópios, quatro deles com câmara-clara acoplada, quatro estufas de secagem, freezers e uma biblioteca com a literatura fundamental para estudos dessa linha. No herbário há sistema de controle termo-higrométrico e modernos armários compactados que deslizam sobre trilhos, o que possibilita armazenamento adequado das coleções (aproximadamente 180.000 números) e melhor aproveitamento da área disponível. Em 2006 foi praticamente finalizada a informatização dos acervos, estando já bem avançado o banco de dados sobre as algas (montado com o programa Microsoft Excell), e em estágio menos avançado o das plantas vasculares, incluindo a Xiloteca. Ambos acervos estão sendo digitalizados no sistema BRAHMS, visando compatibilizá-los com os bancos de outros herbários paulistas e sua disponibilização na Internet, de maneira integrada (www.splink.cria.org.br). Para tanto, foram adquiridos recentemente quatro micro-computadores Pentium IV, com apoio do Programa BIOTA-FAPESP.

Outros setores de apoio do Instituto de Biociências têm papel destacado nas pesquisas do nosso programa, como o Centro de Microscopia Eletrônica que vem sendo utilizado intensamente tanto para dar suporte aos estudos que necessitam de microscopia de transmissão quanto de varredura ou confocal.

Na área de dois hectares do Fitotério há seis casas de vegetação, uma estufa climatizada e numerosos canteiros e tanques, além de arboreto e palmeto, onde são realizadas atividades didáticas e conduzidos experimentos de docentes e orientandos.

 

 

Biblioteca do Instituto de Biociências

O Serviço de Biblioteca do Instituto de Biociências da USP, um centro de excelência em informação na área de Ciências Biológicas, atende toda a comunidade USP através do empréstimo automatizado unificado, e também a usuários de outras escolas, empresas, laboratórios e institutos congêneres. A biblioteca funciona no período de segunda a sexta-feira, de 8:30 h às 21:50 h, perfazendo 13,5 h diárias de atendimento. Presta serviços de assessoria à busca bibliográfica, treinamento para acesso aos recursos disponíveis, normalização das referências bibliográficas, levantamentos bibliográficos, orientação para a apresentação de trabalhos científicos, etc. As novas aquisições são disponibilizadas quinzenalmente, e os títulos de periódicos correntes são divulgados na página da biblioteca e publicação impressa. A área útil da biblioteca é de 1.126 m2, assim distribuídos: Acervo: 322 m2. Usuários: 196 m2 de área disponível para estudo (A biblioteca acomoda 110 usuários em diversos espaços). As demais áreas são destinadas a salas de trabalho e para circulação.

O quadro funcional da biblioteca é composto de 5 Técnicos de Nível Superior – Bibliotecários; 7 Técnicos de Nível Médio – Encarregados pelo empréstimo de material bibliográfico e atividades técnicas de apoio; 4 Técnicos de Nível Básico – Encarregados da manutenção da biblioteca e da limpeza e desinfestação do acervo, através de congelamento de livros. Os recursos financeiros para aquisição de material bibliográfico e renovação de periódicos são provenientes da Reitoria, de projetos apresentados à Reitoria e instituições de fomento, como a FAPESP. O usuário do IB tem à sua disposição a descrição automatizada de todo o acervo bibliográfico do IB (livros periódicos, teses e produção bibliográfica do corpo docente), disponibilizada no catálogo geral da USP, ou no catálogo local do IB (Dedalus – http://www.usp.br/sibi). Este recurso possibilita a busca à distância, reduzindo consideravelmente o tempo gasto na procura da referência desejada.

O usuário USP dispõe de publicações eletrônicas em texto completo, que podem ser acessadas pelo portal CAPES, incluindo publicações das principais editoras de ciências biológicas, e ainda, bases de dados com resumos de documentos em todas as áreas do conhecimento. Ao lado desta tecnologia de ponta, o Serviço de Biblioteca oferece treinamento de busca on line, dando assistência a todos os usuários interessados. A biblioteca também faz os levantamentos bibliográficos, na impossibilidade do usuário realizá-lo. Outro recurso que a biblioteca disponibiliza, é a produção bibliográfica do corpo docente, reunindo a produção de cada professor, facilitando a busca e localização.

O Serviço de Biblioteca disponibiliza através informações e serviços da home-page (http://www.ib.usp/biblioteca). Regulamento do Serviço de Biblioteca, horário de funcionamento, dados numéricos sobre o acervo, telefones e e-mail dos funcionários, diretrizes para aceitação de doações e links para acesso a catálogos e bancos de dados. Informa também a relação completa dos periódicos adquiridos por compra, permuta e doação. Os links para acesso a periódicos em texto completo disponíveis no Portal Capes e também outros títulos ativados pela biblioteca, totalizando 438 licenciados para consulta on line; formulário para sugestão de compras, formulário para pesquisa bibliográfica e informações sobre as novas aquisições disponibilizadas quinzenalmente.

Dados sobre o acervo
Livros: 34.025 volumes (acervo geral: 31.590; Obras Raras: 2.435)
Teses: 3.049
Multimeios: 4.396
Hemeroteca da produção bibliográfica do corpo docente: 13.076
Periódicos: 41.514
Acervo total em volumes: 94.963
A Biblioteca está localizada no edifício Paulo Sawaya - Centro Didático no Instituto de Biociências.
Rua do Matão, 303 - CEP 05508-900 - Cidade Universitária - São Paulo - SP.
Tel.: 11 3091-7514 - Fax: 11 3091- 7421
Email: Este endereço de e-mail está protegido contra spambots. Você deve habilitar o JavaScript para visualizá-lo.

Site da Biblioteca

Catálogo online local (Dedalus USP)

 

 

 

 

 

 

 

Botany Department Laboratories

Research in the Botany Department is fundamentally based on structured on seven laboratories:

Anatomy Laboratory

Cellular Biology Laboratory

Molecular Biology Laboratory

“Édison José de Paula” Marine Algae Laboratory

Physiology Laboratory

Phytochemistry Laboratory

Systematics Laboratory

Moreover, the Botany Department has seven greenhouses for experiments and maintaining plant collections for teaching and research.

There is also the Electron Scanning Microscopy Laboratory, the plant collection, the phycologic and phanerogamic herbariums that act as support, aiming to fill any teaching or researching needs from every research line in the department.

The two herbariums are very important as collections of the native flora. The phycologic herbarium has the greatest collection of marine algae in Latin America, with species from 30 countries and virtually every known species in the Brazilian coastline. It is frequently used by researchers from all over the world.

The phanerogam Herbarium houses the biggest campos rupestres plant collection in the world. Like the phycologic herbarium, it is used by Brazilian taxonomists and from other countries.

The last three years saw a substantial enlargement on the physical space of the research laboratories, along with considerable equipment development and modernization.

In 2006 there was a great renovation to update the Plant Physiology Laboratory, with the implantation of liquid chromatographers and a gas-powered one for plant hormone and carbohydrate dosing. Besides that, the laboratory received a chemiluminescence device to detect very low nitric oxide by continuous flux, and it is the only one of its kind in Brazil. Another cultivation room was build, and new independent shelves were installed, with type and intensity controls for the lights, and also photoperiods, humidity and temperature controls. It is the only one in São Paulo with these different conditions controlled independently.

The Molecular Biology Laboratory continues to by highly qualified to perform DNA sequencing, which we provide for our department and other institutions. This laboratory was recently rebuilt, now housing five thermal cyclers for PCR and a particle accelerator for genetic transformations in plant tissue, besides two new sequencers. In 2006 two high tech equipment: a real-time thermal cycler (or quantitative PCR) and a NanoDrop (a quantifier for DNA, RNA and super low volume proteins).

The Cellular Biology Laboratory (BIOCEL) emphasizes studies in Plant Biotechnology and Plant Development Physiology. The main approaches are related to controlling and monitoring morphogenesis processes, both in vivo and in vitro, through correlation and identification of different process markers of plant development. Evaluated physiologic, biochemical and molecular parameters involve different strategies and methodologies that are routine at BIOCEL, including: comparative proteomics (electrophoresis 1-D and 2-D, image analysis and mass spectrometry), growth regulator metabolism (AIA dosage identification, ABA and polyamines by HPLC), amino acid profiling (identification and dosage by HPLC) nitric oxide metabolism (dosage by spectrometry and localization by fluorescence microscopy) secondary compound metabolism (lignans and neolignans), gene markers expression on embryo developing (SERK, WOX and ABI genes) and genetic stability (RADP and AFLP). The conservation and propagation aspects, especially in native speciesm (like Araucaria angustifolia, Ocotea catharinensis and O. odorifera) have been undertaken using biotech techniques, like somatic embryogenesis and germplasm cryopreservation. The sugarcane system has also been used plant/bacteria interaction studies, and to stablish and standardize biotech procedures. The laboratory collaborates with various Brazilian and foreign groups and is sponsored by FAPESP, Petrobrás, FINEP, CAPES and CNPq.

The Plant Anatomy Laboratory has large and modern infrastructure, including green houses, various kinds of microtomes, stereomicroscopes and photonic clear field microscopes, phase contrast and fluorescence, besides the basic tools for histology, and histochemistry. It also has equipment for documenting and analysis, including photomicroscopes, video systems and image analysis, along with a xylotheque and wood anatomy analysis tools.

Besides having excellent infrastructure for biochemical analysis, The Phytochemistry Laboratory holds a high performance liquid chromatographer, a gas chromatographer and a mass spectrometer. It also has space for developing molecular techniques, including extractions and reactions aiming restriction fragment analysis and DNA sequencing of vascular plants, that are complemented at the automatic sequencers in the Molecular Biology Laboratory.

The Marine Algae Laboratory, with its three acclimatized rooms and six greenhouses with light and temperature controls, has excellent infrastructure for algae cultivation and triage, carrageenan extraction and technique development in physiology and biochemistry, and was recently outfitted to perform molecular biology researches.

The Systematics Laboratory has a room with 10 stereomicroscopes, four of them with bright-field chambers, four drying greenhouses, freezers and a library with all the fundamental literature for this line of study. The herbarium has a thermo-hygrometric control system and compact cabinets on rails that allow a better storage for the collections (about 180.000 numbers) and a smart usage of space. In 2006 the digitalization of the collections was practically finished. A database for the algae is well advanced and one for the vascular plants (including the xylotheque) is on its way. Both collections are being digitalized with the BRAHMS system, so that they will be compatible with other herbariums’ data bases and made available on the Internet (www.splink.cria.org.br). For that, four Pentium IV computers were bought with the support of the BIOTA-FAPESP program.


Biosciences Institute Library

The Biosciences Institute Library is a center of excellence its field, available to all the USP community through the unified borrowing system, and also to users from other schools, companies, laboratories and institutes. The library is open from Monday to Friday, 8:30 to 21:50, a total attendance of 13,5 hours. It provides services of bibliographic search, trainings in the available resources, bibliographic surveys, orientations on presenting scientific research, etc. New acquisitions are made available every two weeks, and journals are announced on the library’s website. The library has 1126m², divided in: 332m² for the collection, 196m² for users (it can hold 110 people in multiple spaces), and the rest is for work rooms and movement.

The staff is composed of five higher education technicians (working as librarians), seven secondary education technicians (charged with borrowing books and other support activities), and four basic education technicians (responsible for maintenance). The resources for acquiring material come from the rectory and development institutions, like FAPESP. The users have a their disposure an automatic description of all the library’s collection (books, journals, thesis and the faculty’s production), available at USP’s general catalogue or the IB local catalogue (Dedalus – www.usp.br/sibi).

Users from the university have access to USP’s electronic publications in full text that can be accessed from the CAPES portal, including publications from the main publishers in biosciences. Along with this state of the art technology, the library offers courses on online search, assisting anyone who is interested. The library also does the bibliographic survey if the user is unable. Another thing the library makes available is the faculty’s bibliographic production, assembling works from each professor, making it easier to find.

The library provides information and services on its homepage (www.ib.usp.br/biblioteca), like the Library’s regulation, attending hours, numbers about the collection, phone numbers, donation policies, and links to catalogues and databases.

Information about the collection:

Books: 34.205 (general collection 31.590; rare books: 2.435)

Thesis: 3.049

Multimedia: 4.396

Faculty bibliographic production: 13.076

Journals: 41.514

Complete collection: 94.963

The library is at the Paulo Sawaya building – Institute of Biosciences Institute Didactic Center.

303 Matão St, Postal code 05508-900 – Cidade Universitária – São Paulo – SP.

Phone +55 11 3091-7514. Fax: +55 11 3091-7421

Email: Este endereço de e-mail está protegido contra spambots. Você deve habilitar o JavaScript para visualizá-lo.

Library website

Online local catalogue (Dedalus USP)